Es llicencià en Farmàcia a Barcelona el 1868. Fou farmacèutic militar en l'exèrcit carlí i aquesta és, de fet, l'única dedicació professional que va exercir, car fou un hisendat que es dedicà a tenir cura de les propietats familiars, la qual cosa li deixava molt de temps lliure per al conreu de la ciència.
Publicà algun article de caire quimicofarmacèutic i un remarcable catàleg dels ocells de les comarques gironines. La seva contribució científica més rellevant, però, fou en el camp de la Botànica. Herboritzà regularment en diverses comarques catalanes i confeccionà un herbari d'uns 40.000 plecs que es conserva a l'Institut Botànic de Barcelona; a més, un cert nombre de plecs de Vayreda es troba al Real Colegio Alfonso XII de San Lorenzo del Escorial. Bastí un jardí botànic a Lledó, on arribà a cultivar més de 350 espècies. Escrigué diverses aportacions a la flora del país i fou un dels primers autors de la Renaixença a publicar alguns treballs científics en català. Fou membre de la Reial Acadèmia de Ciències i Arts de Barcelona, de la Real Sociedad Española de Historia Natural, de la Societat Botànica Barcelonesa, de la Sociedad Linneana Matritense, de la Société Helvétique pour l'Échange des Plantes i de l'Associació d'Excursions Catalana.
Obres principals
- Plantas notables por su utilidad o rareza que crecen espontáneamente en Cataluña, o sea Apuntes para la flora catalana (1879)
- Excursió botànica al Baix Ampurdà (1881)
- Catàlech de la flora de la vall de Núria (1882)
- Fauna ornitológica de la provincia de Gerona (1883)
- Ensayo de Jardín Botánico de Aclimatación en Lladó, provincia de Gerona (1889)
- Catàleg de la Flòrula de la Mare de Déu del Mont (1920)