Participà en la realització de grans obres públiques a Sudamèrica. Amb motiu de les excavacions requerides per aquestes obres descobrí ossos d'un tamany molt superior a l'habitual.
Pensà que pertanyien a animals desapareguts, cosa que despertà la seva aficció per la Paleontologia. Arribà a obtenir una col·lecció de peces molt important. Els museus d'Història Natural més importants d'Europa (entre ells el British Museum) li oferiren autèntiques fortunes si els la venia. Rodrigo i Botet, però, no caigué en la temptació i féu donació gratuïta a la ciutat de València. Amb aquests fons es fundà el Museu Paleontològic de València.